Nejčastějšími nežádoucími účinky je bolest v místě vpichu (92 %), únava (70 %), bolest hlavy (64,7 %), myalgie (bolest svalů) (61,5 %), artralgie (ztuhlost kloubů) (46,4 %), zimnice (45,4 %), nevolnost/zvracení (23 %), horečka (15,5 %) a otok v místě vpichu (14,7 %). Tyto reakce jsou většinou mírné či středně závažné a vymizí do několika dnů od očkování. Tyto reakce jsou obvyklejší po druhé dávce a jejich frekvence se s rostoucím věkem snižuje.
Kromě toho byly zaznamenány velmi vzácné případy myokarditidy a perikarditidy (zánět srdečního svalu nebo osrdečníku). Tyto případy nastaly většinou do 14 dnů od očkování, přičemž častěji to bylo po druhé dávce očkování a tato reakce byla častější u mladších mužů. Myokarditida a perikarditida jsou ve většině případů mírné a k zotavení dojde díky léčbě a klidovému režimu.
Rovněž byly popsány opožděné kožní reakce v blízkosti místa vpichu, které se objevují přibližně 7 dnů (mezi 2 a 12 dny) od podání vakcíny a mají podobu prosáklých, svědivých a bolestivých puchýřků. Tato reakce se může po aplikaci druhé dávky projevit dříve. Obvykle vymizí přibližně do 5 dnů, ale v některých případech může přetrvávat až po dobu 21 dnů. Tato reakce po první dávce však není kontraindikací pro podání druhé dávky.
Anafylaktická reakce na mRNA vakcíny proti COVID-19 je však velmi vzácná – v současné době se odhaduje, že nastává v 2,5 až 11,1 případech na 1 milion podaných dávek, a to převážně u osob, u nichž proběhla alergická reakce již dříve. Pokud je anafylaxe včas rozpoznána a správně léčena, je léčitelná. Pokud se u někoho objevila závažná alergická reakce po podání mRNA vakcíny proti COVID-19 (Pfizer-BioNTech nebo Moderna), pak by této osobě již neměla být podána další dávka této vakcíny.
Aktualizace (březen 2023):
Profil reaktogenity a nežádoucích účinků pozorovaných po posilovací dávce byl obecně podobný tomu, který byl pozorován po 2. dávce počátečního 2dávkového režimu, což naznačuje, že nedochází k zesílení reaktogenity ani k žádným novým bezpečnostním signálům vyplývajícím z podání třetí dávky.
