Los efectos más comunes son el dolor en el lugar de la inyección (> 80%), fatiga (> 60%), cefalea (> 50%), mialgias (dolor muscular) y escalofríos (> 30%), artralgias (dolor articular) (> 20%), fiebre e inflamación en el lugar de la inyección (> 10%), mayoritariamente de intensidad leve o moderada y que desaparecen unos días después de la vacunación. Estas reacciones son más comunes después de la segunda dosis y su frecuencia disminuye con la edad.
Además, han sido descritos casos muy raros de miocarditis y pericarditis (inflamación del músculo cardiaco o de la membrana que envuelve el corazón). Estos casos fundamentalmente se producían en el periodo de 14 días después de la vacunación, con la mayor frecuencia después de la segunda dosis de la vacunación, y más comúnmente en los hombres jóvenes. Las miocarditis y pericarditis son leves en la mayoría de los casos y se resuelven con tratamiento y reposo.
Han sido reportados casos de anafilaxia. Sin embargo, la anafilaxia tras las vacunas ARNm frente a la COVID-19 actualmente se estima que ocurre en 2.5 a 11.1 casos por 1 millón de dosis, fundamentalmente en las personas con antecedentes de alergia. La anafilaxia es tratable si se detecta precozmente y se trata de inmediato.
Si alguna persona tiene una reacción alérgica severa después de recibir la primera dosis de la vacuna ARNm frente a la COVID-19 (tanto Pfizer-BioNTech como Moderna), esta persona no puede recibir otra dosis de esta misma vacuna.
Actualización (Marzo del 2023):
En general, el perfil de seguridad asociado con una tercera dosis de BNT162b2 (30 µg) administrada aproximadamente 6 meses después de completar la serie de dos dosis es muy similar al perfil de seguridad de la serie primaria de vacunación en sí, sin que se identifiquen nuevos problemas de seguridad en los pacientes que han recibido la dosis de refuerzo y sin aumento de la reactogenicidad o eventos adversos inusuales u otros hallazgos de seguridad.