Незважаючи на те, що сучасні вакцини є безпечними, збільшення числа доз та можливостей вакцинації може викликати стурбованість щодо їх безпеки. Для ефективних програм з імунізації важливим є гарантована якість вакцин.
Моніторинг безпеки вакцин - процес складний і відповідальність за нього лежить на багатьох. Він може проводитися різними способами: у рамках широкомасштабних клінічних випробувань, проведення досліджень з відстеженням взаємозв'язку між відвідинами лікаря та вакцинацією, або більш цілеспрямовані дослідження з організацією подальшого спостереження з використанням щоденників здоров'я. Однак, у більшості країн ключовим моментом системи епіднагляду є схеми активної та пасивної реєстрації, яка заснована на спостереженнях медичних працівників, а також на реєстрації індивідуальних випадків побічних проявів після імунізації.
Частиною з моніторингу безпеки також є пошук «сигналів» щодо їх безпеки - нові події, про які раніше не було відомо, чи їх спричиняють вакцини або ж потенційне збільшення частоти відомої події у осіб які отримали вакцини у порівнянні з тими, хто її не отримував.
Стандартизований інструмент оцінки, відомий як оцінка причинно-наслідкового зв'язку, був спеціально розроблений для встановлення такого зв'язку. Ця форма дозволяє оцінювати різні фактори: біологічну ймовірність, терміни між введенням вакцини та настанням побічного прояву, а також вплив інших факторів на виникнення побічних проявів. Форма завершується узгодженою оцінкою причинно-наслідкового зв'язку, коментарем до оцінки та рекомендацією щодо подальшого вивчення або спостереження.