იმუნური პასუხის წარმოქმნის მიზნით მთელი პათოგენის შეყვანის ნაცვლად, შეიძლება დაინიშნოს ქვეჯგუფის ვაქცინები (ზოგჯერ უწოდებენ უუჯრედო ვაქცინებს), რომლებიც შეიცავენ პათოგენის გასუფთავებულ ნაწილაკებს და რომლებიც სპეციალურად შეირჩა იმუნური სისტემის უჯრედების სტიმულირების უნარის გამო. იმის გამო, რომ ამ ფრაგმენტებს არ შეუძლიათ დაავადების გამოწვევა, ქვეჯგუფის ვაქცინები ითვლება ძალიან უსაფრთხოდ. ასეთი ვაქცინების რამდენიმე სახეობა არსებობს: ცილის ქვეჯგუფის ვაქცინები შეიცავს ვირუსული ან ბაქტერიული პათოგენებისგან იზოლირებულ ცილებს; პოლისაქარიდის ვაქცინები შეიცავს შაქრის მოლეკულების (პოლისაქარიდების) ჯაჭვებს, რომლებიც გვხვდება ზოგიერთი ბაქტერიის უჯრედის კედლებში; კონიუგირებული ქვეჯგუფის ვაქცინები აკავშირებს პოლისაქარიდის ჯაჭვს მატარებელ ცილასთან, რათა გამოიწვიოს და გააძლიეროს იმუნური პასუხი. COVID-19-ის გამომწვევი ვირუსის წინააღმდეგ მხოლოდ ცილაზე დაფუძნებული ქვეჯგუფის ვაქცინები მუშავდება.
სხვა ქვეჯგუფის ვაქცინები უკვე ფართოდ გამოიყენება. ასეთი პრეპარატების მაგალითებია B ჰეპატიტის და ყივანახველას (ცილოვანი ქვეჯგუფის) უუჯრედო ვაქცინები, პნევმოკოკური პოლისაქარიდის ვაქცინები და მენინგოკოკური ACWY (MenACWY) სეროტიპის ვაქცინა, რომელიც შეიცავს მენინგოკოკური დაავადების გამომწვევი ბაქტერიის ოთხი სეროტიპის ზედაპირზე აღმოჩენილ პოლისაქარიდებს, რომლებიც მიმაგრებულია დიფტერიის ან ტეტანუსის ტოქსოიდებზე (კონიუგირებული ქვეჯგუფის ვაქცინა).
ქვეჯგუფის ვაქცინები შეიცავს პროტეინის ფრაგმენტებს ან/და პათოგენის პოლისაქარიდებს, რომლებიც საგულდაგულოდ იქნა შესწავლილი ამ მოლეკულების საუკეთესო კომბინაციის მოსაძებნად, რომელსაც შეუძლია ძლიერი და ეფექტური იმუნური პასუხის სტიმულირება. იმის გამო, რომ იმუნური სისტემა არ შედის უშუალო კონტაქტში პათოგენთან, გვერდითი მოვლენების რისკი მინიმუმამდეა დაყვანილი. გარდა ამისა, ასეთი ვაქცინები შედარებით იაფია, მარტივია წარმოება და უფრო სტაბილურია, ვიდრე მთლიანი ვირუსების ან ბაქტერიების შემცველი ვაქცინები.
ამ მიდგომის უარყოფითი მხარე ის არის, რომ ანტიგენებს, რომლებიც გამოიყენება ვაქცინაციის დროს იმუნური პასუხის გამოსაწვევად, შეიძლება არ გააჩნდეს მოლეკულური სტრუქტურები, რომელსაც ეწოდება პათოგენთან ასოცირებული მოლეკულური შაბლონები (PAMP), რომლებიც საერთოა პათოგენების კონკრეტული კლასისთვის. ასეთი სტრუქტურები იკითხება იმუნური უჯრედების მიერ და აღიარებულია, როგორც საფრთხის სიგნალები, ამიტომ მათმა არარსებობამ შეიძლება გამოიწვიოს სუსტი იმუნური პასუხი. გარდა ამისა, ვინაიდან ანტიგენური ნაწილაკები არ აინფიცირებენ უჯრედებს, ქვედანაყოფის ვაქცინები, უმეტესწილად, იწვევენ ანტისხეულების შუამავლობით იმუნურ პასუხებს. ეს ნიშნავს, რომ იმუნური პასუხი შეიძლება იყოს უფრო სუსტი, ვიდრე სხვა ტიპის ვაქცინების გამოყენებისას. ამ პრობლემის დასაძლევად, ქვეჯგუფის ვაქცინები ზოგჯერ შეიცავენ ადიუვანტებს (ნივთიერებები, რომლებიც ასტიმულირებენ იმუნურ სისტემას) და შეიძლება საჭირო გახდეს ბუსტერ დოზები.
განახლებული ინფორმაცია (მარტი 2023): ერთ ცილოვან ვაქცინას (ნუვაქსოვიდი / კოვოვაქსი) მიენიჭა ჯანმრთელობის მსოფლიო ორგანიზაციის (WHO) გადაუდებელი გამოყენების ავტორიზაცია.
