Cele mai frecvente efecte adverse sunt durere la locul injectării (> 80%), oboseală (> 60%), cefalee (> 50%), mialgii (adică dureri musculare) și frisoane (> 30%), artralgii (adică dureri articulare) (> 20%), febră și inflamație la locul injectării (> 10%), în cea mai mare parte ușoare sau moderate ca intensitate și care dispar în câteva zile după vaccinare. Aceste reacții sunt mai frecvente după a doua doză și frecvența lor scade odată cu vârsta.
În plus, au fost observate cazuri foarte rare de miocardită și pericardită (inflamația mușchiului inimii sau a membranei din jurul inimii). Aceste cazuri au apărut mai ales în cele 14 zile după vaccinare, cu o frecvență mai mare după a doua doză de vaccina și mai frecvent la bărbați tineri. Miocardita și pericardita sunt ușoare în majoritatea cazurilor și se rezolvă cu tratament și odihnă.
Au fost raportate cazuri de anafilaxie. Totuși, în prezent se estimează că anafilaxia la vaccinurile împotriva COVID-19 pe bază de ARNm are loc în 2,5 până la 11,1 cazuri la 1 milion de doze, în mare parte la persoanele cu antecedente de alergie. Anafilaxia este tratabilă dacă este recunoscută timpuriu și tratată prompt. Dacă o persoană a avut o reacție alergică severă după administrarea unui vaccin pe bază de ARNm (Pfizer-BioNTech sau Moderna), persoana nu ar trebui să primească o altă doză din acel vaccin.
Actualizare (martie 2023):
În general, profilul de siguranță asociat cu o a treia doză de BNT162b2 (30 µg) administrată la aproximativ 6 luni de la terminarea schemei cu două doze este foarte asemănător cu profilul de siguranță al regimului inițial propriu-zis, fără a fi identificate noi probleme de siguranță la cei care au primit o doză de rapel și fără reactogenitate crescută sau evenimente adverse neobișnuite sau alte probleme de siguranță.