Mezi nejčastější nežádoucí účinky patří bolest v místě vpichu (> 80 %), únava (> 60 %), bolest hlavy (> 50 %), myalgie (bolest svalů) a zimnice (> 30 %), artralgie (bolest kloubů) (> 20 %), horečka a zánět v místě vpichu (> 10 %), přičemž většina z těchto reakcí má nízkou či střední intenzitu a po několika dnech od očkování samy odezní. Tyto reakce jsou obvyklejší po druhé dávce a jejich frekvence se s rostoucím věkem snižuje.

Kromě toho byly zaznamenány velmi vzácné případy myokarditidy a perikarditidy (zánět srdečního svalu nebo osrdečníku). Tyto případy se objevily většinou do 14 dnů od očkování, přičemž častěji to bylo po druhé dávce očkování a tato reakce byla častější u mladších mužů. Myokarditida a perikarditida jsou ve většině případů mírné a k zotavení dojde díky léčbě a klidovému režimu.

Byly zaznamenány případy anafylaxe. V současné době se však odhaduje, že anafylaktická reakce na mRNA vakcíny proti COVID-19 nastává v 2,5 až 11,1 případech na 1 milion podaných dávek, a to převážně u osob, u nichž proběhla alergická reakce již dříve. Pokud je anafylaxe včas rozpoznána a správně léčena, je anafylaxe léčitelná. V případě, že se u někoho objevila závažná alergická reakce po podání mRNA vakcíny proti COVID-19 (Pfizer-BioNTech nebo Moderna), pak by této osobě již neměla být podána další dávka této vakcíny.

Aktualizace (březen 2023):

Celkově je bezpečnostní profil spojený s třetí dávkou BNT162b2 (30 µg) podanou přibližně 6 měsíců po dokončení dvoudávkového režimu velmi podobný bezpečnostnímu profilu samotného počátečního režimu, přičemž u těch, kteří dostali posilovací dávku, nebyly zjištěny žádné nové bezpečnostní obavy ani žádná zvýšená reaktogenita nebo neobvyklé nežádoucí účinky či jiná bezpečnostní zjištění.