En vez de inyectar el patógeno completo para provocar la respuesta inmunitaria, se puede inyectar las vacunas de subunidades (también llamadas vacunas acelulares). Estas contienen los fragmentos purificados del patógeno especialmente seleccionado por su habilidad de estimular las células inmunitarias. Debido a que estos fragmentos son incapaces de causar la enfermedad, las vacunas de subunidades se consideran muy seguras. Existen varios tipos de estas vacunas: las vacunas de subunidades proteicas contienen las proteínas específicamente aisladas de los patógenos virales y bacterianos; las vacunas polisacáridas contienen las cadenas de moléculas de azúcares (polisacáridos) que se encuentran en paredes celulares de algunas bacterias; las vacunas de subunidades conjugadas unen la cadena polisacárida a la proteína transportadora para provocar y estimular la respuesta inmunitaria. En este sentido, solo se están desarrollando las vacunas de subunidades proteicas contra el virus que causa la COVID-19.
Otras vacunas de subunidades ya están en uso generalizado. Se trata, por ejemplo, de las vacunas frente a hepatitis B y vacunas acelulares contra la tos ferina (vacunas de subunidades proteicas), la vacuna neumocócica polisacárida, y la vacuna MenACWY que contiene los polisacáridos de la superficie de cuatro serogrupos de la bacteria que causan la enfermedad meningocócica unidas al toxoide diftérico o al tetánico.
Las vacunas de subunidades contienen los fragmentos de proteína y/o el polisacárido del patógeno, el que se estaban estudiando cuidadosamente para identificar qué combinaciones de esas moléculas pueden producir la respuesta inmunitaria fuerte y eficaz. Si se limita el acceso al sistema inmunitario del patógeno el riesgo de los efectos adversos se minimiza.Además este tipo de vacunas son relativamente asequibles y fáciles de producir, y también son más estables que las vacunas que contienen los virus o bacterias enteras.
La desventaja es que los antígenos que se usan para provocar la respuesta inmunitaria pueden carecer de estructuras moleculares llamadas patrones moleculares asociados a patógenos (PAMPs) los que son comunes para algunas clases de patógenos. Estas estructuras pueden ser leídas por las células inmunitarias y ser reconocidas como señales peligrosas, así que su ausencia puede generar la respuesta inmunitaria más débil. También debido a que los antígenos no infectan a las células, las vacunas de subunidades generalmente provocan la respuesta inmunitaria mediada por anticuerpos. Esto significa que la respuesta inmunitaria puede ser más débil que la que está provocada por otros tipos de vacunas. Para solucionar este problema las vacunas de subunidades a veces se suministran junto con los adyuvantes (sustancias que estimulan el sistema inmunitario) y también podrían ser requeridas las dosis de refuerzo.
Actualización (Marzo del 2023):
Una vacuna basada en proteínas (Nuvaxovid / Covovax) ha sido incluida en la Lista de Uso en Emergencias de la OMS.
