Aktualizované bivalentní vakcíny fungují stejným způsobem, jako vakcíny původní, tedy připravují organismus na obranu proti COVID-19. Každá vakcína obsahuje molekuly zvané mRNA, které mají pokyny pro tvorbu spike proteinů původního SARS-CoV-2 a subvarianty Omikron. Spike protein se vyskytuje na povrchu viru, který jej potřebuje pro vstup do buněk organismu. Může se lišit mezi dvěma variantami viru. Cílem úpravy vakcín je rozšíření ochrany proti různým variantám viru COVID-19.

Po podání těchto vakcín některé buňky očkované osoby přečtou pokyny mRNA a dočasně tyto spike proteiny tvoří. Imunitní systém poté tyto proteiny rozpozná jako cizí a aktivuje proti nim přirozenou obranu - protilátky a T buňky.

Přijde-li poté očkovaná osoba do kontaktu s virem, imunitní systém rozpozná spike protein na jeho povrchu a je připraven na něj útočit. Protilátky a buňky imunitního systému mohou tvořit ochranu proti COVID-19 tím, že spolupracují na zabíjení viru, brání jeho vstupu do buněk organismu a ničí infikované bunky.

Molekuly mRNA z vakcíny nezůstávají v organismu, ale krátce po očkování jsou rozloženy.